Dentro de poco comenzará la 6ª edición del Master en Bioinformática y Biología Computacional; sin embargo aún quedan algunas plazas disponibles. Si estais interesados aún estais a tiempo de matricularos; podeis consultar la página web del master de Bioinformática y Biología Computacional para obtener más detalles y contactar con la dirección del Master.

Este año el master se va a impartir en un aula de informática de la facultad de CC. Químicas, como siempre en la Universidad Complutense de Madrid. Este aula se ha elegido por sus buenas instalaciones, y por que la secretaría del Master pertenece al laboratorio de Biofísica de esta facultad.

Hace unos días os contaba que se va a celebrar un curso del EBI los días 6 a 8 de Octubre. Esta institución es bastante activa en lo que a cursos y seminarios se refiere, y no solo se va a celebrar este curso en Octubre. Hoy navegando un poco he visto que la página web del EBI tiene un apartado donde van poniendo todos los cursos, seminarios, conferencias y demás; podeis consultar este calendario de actividades en este enlace. como veréis hay actividades programadas hasta el 9 de Noviembre, y podéis cliquear en cada uno de estos cursos para obtener más información.

Mirando un poco he visto que hay un curso planeado para el día 5 de Noviembre en Madrid (España), sobre la utilización de ENSEMBL, y que es a nivel introductorio, así que quizás me apunte por que nunca está de más recordar las cosas.

Ya se ha elaborado el nuevo cartel del Master en Bioinformática y Biología Computacional, para darle difusión al nuevo curso 2008 - 2009. Como os anuncie hace unas semanas, el plazo de preinscripción ya está abierto, y si estais interesados podeis consultar la página web del master en breve se distribuirá este cartel informativo para darle más difusión al master. Os recuerdo brevemente las asignaturas que compondrán el master de este año:

- Informática.
- Bases de datos.
- Algoritmos.
- Biología Molecular.
- Genómica y Proteómica.
- Análisis de secuencias.
- Predicción de Estructuras.
- Biología de Sistemas.
- Biomedicina.
- Actividad Profesional.

Se disponen de 20 plazas, asi que si estais interesados, consultar la página web del master lo antes posible. Os pongo un archivo con el cartel informativo.

Se va a celebrar del 6 al 8 de Octubre un curso organizado por el EBI. El objetivo de este curso es ofrecer una introducción a los recursos fundamentales que ofrece el EBI, así como explicar cuando, por que y como se pueden utilizar estas bases de datos de libre acceso. El curso también mostrará como usar estas herramientas con una serie de casos prácticos. Este curso tendrá lugar en Hinxton, Cambridge, UK; el curso tiene un precido reducido de 25 ó 50 Libras por día (dependiendo del caso). Si estáis interesados, consultar el enlace que os pongo, aún os podeis registrar. enlace

Integromics S. L es una empresa de bioinformática española que en la actualidad está buscando personal bioinformático. La página web de Integromics S. L es esta esta empresa ha tenido bastantes exitos, y su software está instalados en algunas farmaceuticas de relevancia como Novartis, y centros de investifación como el CNIO. Actualmente esta empresa está buscando personal bioinformático, os adjunto un documento por si estais interesados.

Una vez que hemos procesado los datos de secuencias de ADN o proteínas, los hemos alineado con algún programa como muscle, hemos determinado que modelo evolutivo encaja mejor con nuestros datos con jModeltest, Modeltest, o ProtTes, y hemos utilizado alguno de los diversos métodos que existen para construir el árbol; obtenemos los datos de nuestro árbol en un formato llamado Newick. El formato Newick consta de una serie de parentesis, números, y de los nombres de las especies con las que estemos trabajando. Os pongo aquí un ejemplo:

(raccoon:19.19959,bear:6.80041):0.84600,((sea_lion:11.99700, seal:12.00300):7.52973,((monkey:100.85930,cat:47.14069):20.59201, weasel:18.87953):2.09460):3.87382,dog:25.46154);

El formato no es dificil de entender, pero no es muy visual; y lo mejor es dibujar el árbol. Hace unos días encontré un programa, llamado FigTree, para dibujar estos árboles, y para editarlos; es fácil de utilizar, y bastante potente. Además el programa está en versiones, Mac OS, Windows, y Java, con lo que podréis utilizarlo en casi cualquier sistema operativo. Os dejo aquí un enlace a la página de este programa llamado FigTree, y a una página con más software para hacer filogenias.

Modeltest es un programa diseñado por David Posada para determinar que modelo evolutivo se ajusta mejor a nuestro conjunto de datos de secuencias de ADN o proteínas. Recientemente ha salido una nueva versión en java de este programa, llamada jMODELTEST. Hace unos días probé la nueva versión, en Linux (Ubuntu), y tengo que deciros que por ahora me ha ido bastante bien con ella. Tiene un interfaz gráfico bastante intuitivo, una buena documentación, y el programa es bastante rápido.

Con este programa podemos saber que modelo evolutivo se ajusta mejor a nuestros datos, para después construir nuestra filogenia con otros programas. En el laboratorio de David Posada no solo han desarrollado este programa, sino bastantes más como: TREESCAN, PROTTEST (en cuyo desarrollo participó Federico Abascal, antiguo alumno del Master en Bioinformática y Biología Computacional, GEODIS, COLLAPSE etc. Sus intereses se centran en: filogeografía, filogenética, evolución de virus, bioinformática y modelos de evolución molecular. Os pongo un enlace a su página web.

Está celebrándose la 7ª edición del curso "Bioinformática y Biología Computacional" de la Escuela Complutense de Verano, en la Universidad Complutense de Madrid. Este curso tiene un profesorado similar y trata los mismos temas que el Master en Bioinformática y Biología Computacional, solo que de forma más reducida (dura solo un mes) y centrándose especialmente en contenidos prácticos.

Podeis encontrar más información sobre este curso en las siguientes direcciones:
http://www.ucm.es/info/fgu/escuelas/verano/cursos/g05.html
http://moby-dev.inab.org/cursoVerano/

Este año el congreso sobre Biotecnología BIOTEC, y el congreso empresarial BIOSPAIN se celebran de forma paralela y en el mismo escenario, en el Palacio de Congresos de Granada, del 17 al 19 de septiembre de 2008. El objetivo con el que estos dos congresos se celebrarán de forma paralela es el de fomentar la relación entre los investigadores del ámbito académico, y la industria del campo de la Biotecnología.

Las sesiones científicas del BIOTEC 2008 serán:

- Biocatálisis Aplicada.
- Ingeniería Bioquímica.
- Biotecnología Ambiental.
- Biotecnología y Sanidad.
- Biotecnología Vegetal.
- Biotecnología Alimentaria.
- Biotecnología Microbiana.
- Biotecnología y Sociedad.
- Bioinformática.

Como podeís ver, se le dedicará una sesión a la Bioinformática, prueba de la importancia que está adquiriendo este campo científico dentro del mundo de la Biotecnología.

Si quereis más información sobre BIOTEC o BIOSPAIN, podéis visitar los enlaces.

Recientemente se ha abierto el plazo de preinscripción de la 6º edición del Master de Bioinformática y Biología Computacional de la Universidad Complutense de Madrid (UCM). Si estais interesados os recomiendo que mandeis la preinscripción cuanto antes, ya que el número de plazas es limitado (20 alumnos). Podeis consultar información sobre el temario del Master en esta página y para realizar la preinscripción on-line teneis esta otra página.

El curso de esta 6º edición del Master comienza en Octubre de 2008, y el horario será de Lunes a Viernes, de 18:00-21:00. Las asignaturas que se imparten en el Master son las siguientes:

- Introducción a la Informática y Linux
- Programación en Perl
- Introdución a las técnicas básicas en Biología Molecular
- Algoritmos y métodos fundamentales en Biología Computacional
- Análisis de secuencias
- Genomas y Genómica comparativa
- Filogenia Molecular
- Arrays
- Interación de macromoléculas biológicas con ligandos pequeños
- Biología de sistemas
- Infraestructura en bioinformática
- Bioinformática como actividad profesional