En el mundo de la bioinformática tiene una gran importancia el software libre por diversas razones: es más estable, más potente, es multitarea y multiusuario, se puede modificar, es transparente al usuario, y por si fuera poco suele ser gratuito. Dentro unos días va a salir la versión 8.04 de una de las distribuciones GNU/linux más usadas en la actualidad, Ubuntu . En las clases del Master de Bioinformática y Biología Computacional hemos tenido la ocasión de aprender a utilizar este sistema operativo.

La mayoría de los programas que se usan en bioinformática estan disponibles para SO GNU/Linux, y normalmente es mejor utilizarlos sobre este tipo de SO porque funcionan mucho mejor, aunque algunas veces la instalación es algo complicada, pero merece la pena.