Una vez que hemos procesado los datos de secuencias de ADN o proteínas, los hemos alineado con algún programa como muscle, hemos determinado que modelo evolutivo encaja mejor con nuestros datos con jModeltest, Modeltest, o ProtTes, y hemos utilizado alguno de los diversos métodos que existen para construir el árbol; obtenemos los datos de nuestro árbol en un formato llamado Newick. El formato Newick consta de una serie de parentesis, números, y de los nombres de las especies con las que estemos trabajando. Os pongo aquí un ejemplo:

(raccoon:19.19959,bear:6.80041):0.84600,((sea_lion:11.99700, seal:12.00300):7.52973,((monkey:100.85930,cat:47.14069):20.59201, weasel:18.87953):2.09460):3.87382,dog:25.46154);

El formato no es dificil de entender, pero no es muy visual; y lo mejor es dibujar el árbol. Hace unos días encontré un programa, llamado FigTree, para dibujar estos árboles, y para editarlos; es fácil de utilizar, y bastante potente. Además el programa está en versiones, Mac OS, Windows, y Java, con lo que podréis utilizarlo en casi cualquier sistema operativo. Os dejo aquí un enlace a la página de este programa llamado FigTree, y a una página con más software para hacer filogenias.