Una vez que tenemos la secuencia de un gen no termina aquí la cosa, es muy interesante conocer: que proteínas regulan la expresión de nuestro gen, bajo que condiciones se expresa, con que otros genes está relacionado, que proteína codifica y que estructura y función tiene dicha proteína, etc. Para conocer la estructura de una proteína hay diversas técnicas como RMN, cristalografía de rayos X, y microscopía electrónica. Cada una de estas técnicas es útil para un tipo de proteínas y de estudios, pero ¿qué ocurre cuando no podemos obtener la estructura de la proteína por estas ténicas? La Bioinformática al rescate.

Hay diversas ténicas bioinformáticas para obtener la estructura de una proteína de la que solo conocemos su secuencia, las cuales estamos estudiando en la asignatura de Estructuras de proteínas del Master en Bioinformática y Biología Computacional. Obviamente estas técnicas no resuelven las estructuras siempre bien, pero en los últimos años se están desarrollando muchas iniciativas para su perfeccionamiento. La utilidad de estas técnicas es la rapidez con que se pueden obtener resultados, y su aplicación a proteínas de las que no se puede obtener su estructura por otros métodos. Hay una iniciativa internacional para promover el desarrollo de software con este objetivo, esta iniciativa se llama CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction), y funciona a modo de competición, en la que grupos de todo el Mundo participan para determinar la estructura de proteínas problema mediante métodos bioinformáticos, posteriormente los resultados de cada grupo se comparan con los obtenidos por RMN o cristalografía de rayos X.