PhylomeDB es una base de datos de filomas; una colección de todo el conjunto de relaciones filogenéticas de las proteínas de un organismo. Concretamente ahora mismo tiene el filoma de tres organismos: Homo sapiens, Escherichia coli , y Saccharomyces cerevisiae, pero en un futuro se ampliará a nuevas especies, y se harán versiones nuevas de los filomas existentes. Para estos tres organismos, y cada una de sus proteínas se construyeron árboles basados en distintos métodos: NJ, JTT, WAG, MtREV, Blosum62, VT, y MrBayes.

Dentro de un filoma se puede navegar y ver para cada proteína el alineamiento con el que se construyó el árbol y los árboles producidos por los distintos métodos. Dependiendo de la especie, el número de secuencias usadas en los alineamientos varía, así por ejemplo para Homo sapiens se usaron 39 especies. PhylomeDB fue creada y es mantenida por el CIPF, por el grupo de bioinformática. Si quereis leer un artículo sobre el tema, teneis este:

J. Huerta-Cepas, H. Dopazo, J. Dopazo and T. Gabaldón. The Human Phylome. Genome Biology 8(6):R109