Modeltest es un programa diseñado por David Posada para determinar que modelo evolutivo se ajusta mejor a nuestro conjunto de datos de secuencias de ADN o proteínas. Recientemente ha salido una nueva versión en java de este programa, llamada jMODELTEST. Hace unos días probé la nueva versión, en Linux (Ubuntu), y tengo que deciros que por ahora me ha ido bastante bien con ella. Tiene un interfaz gráfico bastante intuitivo, una buena documentación, y el programa es bastante rápido.

Con este programa podemos saber que modelo evolutivo se ajusta mejor a nuestros datos, para después construir nuestra filogenia con otros programas. En el laboratorio de David Posada no solo han desarrollado este programa, sino bastantes más como: TREESCAN, PROTTEST (en cuyo desarrollo participó Federico Abascal, antiguo alumno del Master en Bioinformática y Biología Computacional), GEODIS, COLLAPSE etc. Sus intereses se centran en: filogeografía, filogenética, evolución de virus, bioinformática y modelos de evolución molecular. Os pongo un enlace a su página web.

Está celebrándose la 7ª edición del curso "Bioinformática y Biología Computacional" de la Escuela Complutense de Verano, en la Universidad Complutense de Madrid. Este curso tiene un profesorado similar y trata los mismos temas que el Master en Bioinformática y Biología Computacional, solo que de forma más reducida (dura solo un mes) y centrándose especialmente en contenidos prácticos.

Podeis encontrar más información sobre este curso en las siguientes direcciones:
http://www.ucm.es/info/fgu/escuelas/verano/cursos/g05.html
http://moby-dev.inab.org/cursoVerano/

Este año el congreso sobre Biotecnología BIOTEC, y el congreso empresarial BIOSPAIN se celebran de forma paralela y en el mismo escenario, en el Palacio de Congresos de Granada, del 17 al 19 de septiembre de 2008. El objetivo con el que estos dos congresos se celebrarán de forma paralela es el de fomentar la relación entre los investigadores del ámbito académico, y la industria del campo de la Biotecnología.

Las sesiones científicas del BIOTEC 2008 serán:

- Biocatálisis Aplicada.
- Ingeniería Bioquímica.
- Biotecnología Ambiental.
- Biotecnología y Sanidad.
- Biotecnología Vegetal.
- Biotecnología Alimentaria.
- Biotecnología Microbiana.
- Biotecnología y Sociedad.
- Bioinformática.

Como podeís ver, se le dedicará una sesión a la Bioinformática, prueba de la importancia que está adquiriendo este campo científico dentro del mundo de la Biotecnología.

Si quereis más información sobre BIOTEC o BIOSPAIN, podéis visitar los enlaces.

Recientemente se ha abierto el plazo de preinscripción de la 6º edición del Master de Bioinformática y Biología Computacional de la Universidad Complutense de Madrid (UCM). Si estais interesados os recomiendo que mandeis la preinscripción cuanto antes, ya que el número de plazas es limitado (20 alumnos). Podeis consultar información sobre el temario del Master en esta página y para realizar la preinscripción on-line teneis esta otra página.

El curso de esta 6º edición del Master comienza en Octubre de 2008, y el horario será de Lunes a Viernes, de 18:00-21:00. Las asignaturas que se imparten en el Master son las siguientes:

- Introducción a la Informática y Linux
- Programación en Perl
- Introdución a las técnicas básicas en Biología Molecular
- Algoritmos y métodos fundamentales en Biología Computacional
- Análisis de secuencias
- Genomas y Genómica comparativa
- Filogenia Molecular
- Arrays
- Interación de macromoléculas biológicas con ligandos pequeños
- Biología de sistemas
- Infraestructura en bioinformática
- Bioinformática como actividad profesional

Hay una oferta de una plaza postdoc dentro del proyecto BIPEDD, en la Comunidad de Madrid (España). El objetivo del proyecto BIPEDD es encontrar nuevos fármacos mediante el uso de técnicas bioinformáticas, y su validación mediante técnicas de Biología Molecular. En este proyecto participan un gran número de grupos de investigación tanto de universidades (UCM, UAH), centros de investigación (CIB, CBMSO, CNIO), así como empresas.

Dentro de este proyecto se oferta una plaza para Postdoc en el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBMSO). Os dego más información por si os interesa.

Los días del 27 al 30 de Mayo se va a celebrar un curso sobre ENSEMBL, haciendo énfasis sobre todo en el estudio de la variación. El curso se va a impartir en Oeiras (Portugal). Alguna vez os he hablado en este blog sobre Ensembl, ya que uno de sus miembros nos dio clases en el Master de Bioinformática y Biología Computacional. Además de este curso, se van a celebrar otros sobre diversas técnicas y programas bioninformáticos, así que os recomiendo que le deis un vistazo por si alguno os interesa ya que están bastante solicitados y os podeis quedar sin plaza si no os decidis con tiempo.

Mas información sobre este curso.
Más información sobre el resto de cursos organizados por GTPB.

Los días 18,19, y 20 de Junio se va a celebrar un curso con el título "Bioinformatics and Funtional Genomics: from genes to functions and networks" en el Centro de Investigación del Cancer (CIC-IBMCC, CSIC/USAL), Salamanca, España. El curso está organizado por:

Dr. Javier De Las Rivas (Centro de Investigación de Cáncer CIC, CSIC / USAL, Salamanca)
Dr. Alfonso Valencia (Instituto Nacional de Bioinformatica INB, Centro Nacional Investig. Oncológicas CNIO, Madrid)
Dr. Federico Moran (Instituto Nacional de Bioinformatica INB, Universidad Complutense, Madrid)

Si tenéis curiosidad por esto de la Bioinformática, es un excelente oportunidad para hacer un primer contacto con este mundo. Os adjunto en un archivo el programa e informacion adicional.

PhylomeDB es una base de datos de filomas; una colección de todo el conjunto de relaciones filogenéticas de las proteínas de un organismo. Concretamente ahora mismo tiene el filoma de tres organismos: Homo sapiens, Escherichia coli , y Saccharomyces cerevisiae, pero en un futuro se ampliará a nuevas especies, y se harán versiones nuevas de los filomas existentes. Para estos tres organismos, y cada una de sus proteínas se construyeron árboles basados en distintos métodos: NJ, JTT, WAG, MtREV, Blosum62, VT, y MrBayes.

Dentro de un filoma se puede navegar y ver para cada proteína el alineamiento con el que se construyó el árbol y los árboles producidos por los distintos métodos. Dependiendo de la especie, el número de secuencias usadas en los alineamientos varía, así por ejemplo para Homo sapiens se usaron 39 especies. PhylomeDB fue creada y es mantenida por el CIPF, por el grupo de bioinformática. Si quereis leer un artículo sobre el tema, teneis este:

J. Huerta-Cepas, H. Dopazo, J. Dopazo and T. Gabaldón. The Human Phylome. Genome Biology 8(6):R109

Hoy se clausura el curso del Master en Bioinformática y Biología Computacional. Pero aquí no termina el Master, ya que dentro de unas semanas los alumnos empezaremos a hacer las prácticas (algunos ya han empezado), unos las harán en el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), otros en la Universidad Complutense de Madrid (UCM) o en la Universidad de Malaga (UMA), algunos las harán fuera de España (Irlanda, Dinamarca, etc), y en tros centros de reconocido prestigio.

Seguro que a todos os irá bien con vuestras prácticas; mucha suerte y nos vemos en la clausura del curso.

La semana pasada comenzamos la última asignatura del Master en Bioinformática y Biología Computacional, llamada Redes Biológicas y Biología de Sistemas. En esta asignatura vamos a ver:

- Redes de interacciones de proteínas. (David A. de Juan, CNIO)
- Teoría de grafos. (Carlos Aguirre UAM)
- Manejo, visualización y cálculos topológicos en redes biológicas. (Javier Tamames, Instituto Cavanilles).
- Características topológicas y funcionales de las redes metabólicas. (Florencio Pazos, CNB)
- Análisis estequiométrico de redes metabólicas. (Francisco Montero, UCM)
- Evolución de Redes Celulares. (Ricard Sole, UPF)
- Características topológicas y funcionales de las redes de regulación génica. (Ildefonso Cases, CNIO)
- Otras redes biológicas. (Florencio Pazos, CNB)

Sin duda un programa muy interesante para apreder bastante sobre redes biológicas, y lo que hoy en día se está empezando a llamar biología de sistemas. Todas estas técnicas suponen un nuevo enfoque de la Biología a la hora de abordar ciertos problemas, en vez de dividir el problema en partes más pequeñas, se intentan hacer un enfoque integrador a la solución del mismo, y así obtener una visión más global, y obtener nuevos resultados que serían imposibles con el enfoque clásico.