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02/09/2014

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El IRB de Barcelona abre una plataforma web para observar interacciones entre proteínas en 3D  18/12/2012

Esquema de Interactome 3D. Fuente: IRB.

Los científicos Roberto Mosca, Arnaud Ceol y Patrick Aloy han puesto al servicio de la comunidad biomédica internacional Interactome3D, una plataforma web desarrollada íntegramente en el Instituto de Investigación Biomèdica (IRB Barcelona) y que es de acceso abierto y gratuito.

Interactome 3D ofrece por primera vez la posibilidad de obtener y añadir anónimamente detalles moleculares de las interacciones entre proteínas y obtener la información en modelos visuales en 3 dimensiones. Para los investigadores, los detalles atómicos de las interacciones son básicos para poder entender los fundamentos de la biología, la aparición de enfermedades y para diseñar experimentos y fármacos para combatirlas.

Interactome 3D aporta información fiable de más de 12.000 interacciones de proteínas para ocho organismos modelo, los más relevantes para la investigación biomédica y los estudios genéticos, como la planta Arabidopsis thaliana, el gusano Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster, las bacterias Escherichia coli y Helicobacter pylori, la levadura de cerveza Saccharomyces cerevisiae, el ratón Mus musculus y Homo sapiens. La revista Nature Methods presenta los resultados de la investigación y avala la plataforma por su alta fiabilidad y precisión en la modelización de las interacciones, de un 75% de media.

El investigador postdoctoral Roberto Mosca dice que el diseño de la plataforma bebe de los más de cuatro años de experiencia del laboratorio: “colaboramos con grupos de todo el mundo que necesitan estos datos que ahora ofrecemos de manera automática”.

Los datos de Interactome3D se actualizarán cada seis meses y esperan poder modelar hasta 16.000 interacciones en poco tiempo. “La herramienta no está cerrada. Iremos incorporando toda la información para crecer en número de interacciones, pero manteniendo siempre la fiabilidad como eje central”, remarca el investigador italiano.

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IRB

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